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dinamyc.py

@@ -29,7 +29,7 @@ def get_visit_data(visitnumber):
     url_visitas = url + "/visits/" + str(visitnumber) + "/patients-data"
     url_visitas = url + "/visits/" + str(visitnumber) + "/patients-data"
     yaisons = requests.get(url_visitas).json()["patient_data"]
     yaisons = requests.get(url_visitas).json()["patient_data"]
     df = pd.json_normalize(yaisons)
     df = pd.json_normalize(yaisons)
-    df.drop(["tolerance_curve_measure","id","name","patient_visit_id", "visit_date"], inplace=True, axis=1)
+    df.drop(["tolerance_curve_measure","name","patient_visit_id", "visit_date"], inplace=True, axis=1)
     lista = [ { cf["controlled_food"]: cf["increment_auc"] for cf in yaison["tolerance_curve_measure"] } for yaison in yaisons ] 
     lista = [ { cf["controlled_food"]: cf["increment_auc"] for cf in yaison["tolerance_curve_measure"] } for yaison in yaisons ] 
     df.rename(columns= lambda x: x.split(".")[1] if "." in x else x, inplace=True)
     df.rename(columns= lambda x: x.split(".")[1] if "." in x else x, inplace=True)
     #df.drop(["patient_visit_id"], inplace=True, axis=0) #esta etiqueta aparece dos veces: dentro del primer nivel de json y dentro del json de sample
     #df.drop(["patient_visit_id"], inplace=True, axis=0) #esta etiqueta aparece dos veces: dentro del primer nivel de json y dentro del json de sample
@@ -50,7 +50,6 @@ data_o = (
 data_o["paciente"] = data_o["paciente"].astype("str") + "_p"
 data_o["paciente"] = data_o["paciente"].astype("str") + "_p"
 data_o["Secuenciaciones"] = 0
 data_o["Secuenciaciones"] = 0
 
 
-
 Total_pacientes = len(data_o.index)
 Total_pacientes = len(data_o.index)
 data = data_o.loc[data_o["incluido"]]
 data = data_o.loc[data_o["incluido"]]
 Total_incluidos = len(data)
 Total_incluidos = len(data)
@@ -295,25 +294,26 @@ def update_charts(etapaSel,min_comidas, min_glucosa, medidaDet, etapaDet, visita
     
     
     if etapaSel == 1:
     if etapaSel == 1:
         visitas_data = data.loc[data["visita1"].notna()]
         visitas_data = data.loc[data["visita1"].notna()]
-#        microbiota_data = data.loc[data["MV1"] != 0]
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa_e1 >= @min_glucosa")
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa_e1 >= @min_glucosa")
         comidas_data = data.query("Comidas_e1 >= @min_comidas")
         comidas_data = data.query("Comidas_e1 >= @min_comidas")
     if etapaSel == 2:
     if etapaSel == 2:
         visitas_data = data.loc[data["visita2"].notna()]
         visitas_data = data.loc[data["visita2"].notna()]
-#        microbiota_data = data.loc[data["MV2"] != 0]
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa_e2 >= @min_glucosa")
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa_e2 >= @min_glucosa")
         comidas_data = data.query("Comidas_e2 >= @min_comidas")
         comidas_data = data.query("Comidas_e2 >= @min_comidas")
     if etapaSel == 3:
     if etapaSel == 3:
         visitas_data = data.loc[data["visita3"].notna()]
         visitas_data = data.loc[data["visita3"].notna()]
-#        microbiota_data = data.loc[data["MV3"] != 0]
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa_e3 >= @min_glucosa")        
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa_e3 >= @min_glucosa")        
         comidas_data = data.query("Comidas_e3 >= @min_comidas")        
         comidas_data = data.query("Comidas_e3 >= @min_comidas")        
     if etapaSel == 99:
     if etapaSel == 99:
         comidas_data = data.query("Selectedfoods >= @min_comidas")
         comidas_data = data.query("Selectedfoods >= @min_comidas")
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa >= @min_glucosa")
         glucosa_data = data.query("NDias_glucosa >= @min_glucosa")
-#        microbiota_data = data.query("MT >= @min_microbiota")
         visitas_data = data.query("Nvisitas >= 4") 
         visitas_data = data.query("Nvisitas >= 4") 
 
 
+# el API regresa en los datos de visitas dos campos que se llaman patient_visit_id
+# uno está en el nivel más externo de la respuestas, y es desechado en la función get_visit_data
+# el otro está en un segundo nivel, dentro de la estructura "sample" y sube al primer nivel
+# mediante la función json_normalize y después el rename lo convierte en un simple patient_visit_id.
+
     microbiota_data = visitas_datos[etapaSel-1]["patient_visit_id"].count()
     microbiota_data = visitas_datos[etapaSel-1]["patient_visit_id"].count()
     multi = go.Figure()
     multi = go.Figure()