usa la funcion de numero de secuenciaciones para calcualar el gauge

dinamyc.py

@@ -58,10 +58,6 @@ participantes = reclutados.loc[reclutados["include_in_analysis"]]
 excluidos = reclutados.loc[~reclutados["include_in_analysis"],"id"]
 
 
-# consulta online a la API para las visitas, que proporcionan la info de
-# visitas y microbiota. la función regresa info solo de participantes incluidos
-visitas_datos = [ get_visit_data(visita) for visita in range(1, Visitas_e + 1)]
-
 # la info de glucómetro y comidas viene de clickhouse_connect.
 comidas_df = test_ch_2_b.foods()
 excluye = comidas_df.loc[comidas_df["patient"].isin(excluidos)].index
@@ -73,6 +69,22 @@ glucometro_df = test_ch_2_b.glucometros()
 excluye = glucometro_df.loc[glucometro_df["patient_id"].isin(excluidos)].index
 glucometro_df.drop(labels=excluye, axis=0, inplace=True)
 
+
+# consulta online a la API para las visitas, que proporcionan la info de
+# visitas y microbiota. la función regresa info solo de participantes incluidos
+visitas_datos = [ get_visit_data(visita) for visita in range(1, Visitas_e + 1)]
+muestras = visitas_datos[0][["id", "muestra"]]
+muestras.set_index("id", inplace=True)
+for visita in [1, 2, 3]:
+    otro = visitas_datos[visita][["id", "muestra"]]
+    otro.set_index("id", inplace=True)
+    t = muestras.join(otro, lsuffix="l-"+str(visita), how='outer')
+    muestras = t
+muestras["NSecs"] = muestras.count(axis=1)
+
+num_muestras = [visita["muestra"].count() for visita in visitas_datos]
+num_secuencias = [get_secuenciaciones_data(visita) for visita in [1,2,3,4]]
+
 data_o = (
     pd.read_csv("inventario.csv")
 )
@@ -316,7 +328,9 @@ def update_gauges(etapaSel, min_comidas, min_glucosa):
 
     comidas_data = resumen_comidas.loc[(slice(None),f'e{etapaSel}')] > min_comidas
     glucosa_data = glucometro_df.loc[glucometro_df["visit_id"] == etapaSel, "amount_of_days"] > min_glucosa
-    microbiota_data = visitas_datos[etapaSel-1]["muestra"].count()
+    microbiota_data = num_secuencias[etapaSel-1]
+
+#    microbiota_data = visitas_datos[etapaSel-1]["muestra"].count()
 # La N de la etapa debe ser el número de participantes que cumplieron la etapa.
 # esto es diferente al número de participantes que asistieron a la visita N o N+1.
     N_etapa = len(participantes.loc[participantes["finished_periods"].isin(range(etapaSel, 4))].index)