adicion de microbiota

dinamyc.py

@@ -5,17 +5,8 @@ import plotly.express as px
 import requests
 import numpy as np
 
-# fuentes de datos
+# algunos parámetros globales
 url = 'https://nutricion.c3.unam.mx/nd/'
-data_o = (
-    pd.read_csv("inventario.csv")
-)
-
-data_o["paciente"] = data_o["paciente"].astype("str") + "_p"
-data_o["Secuenciaciones"] = 0
-
-# datos globales
-
 Visitas_e = 4
 Etapas_e = 3
 Comidas_E1_e = 42
@@ -33,6 +24,34 @@ esperados = {
     "tolerancia": 3
     
 }
+
+def get_visit_data(visitnumber):
+    url_visitas = url + "/visits/" + str(visitnumber) + "/patients-data/"
+    yaisons = requests.get(url_visitas).json()["patient_data"]
+    df = pd.json_normalize(yaisons)
+    df.drop(["tolerance_curve_measure","id","name","patient_visit_id", "visit_date"], inplace=True, axis=1)
+    lista = [ { cf["controlled_food"]: cf["increment_auc"] for cf in yaison["tolerance_curve_measure"] } for yaison in yaisons ] 
+    df.rename(columns= lambda x: x.split(".")[1] if "." in x else x, inplace=True)
+    #df.drop(["patient_visit_id"], inplace=True, axis=0) #esta etiqueta aparece dos veces: dentro del primer nivel de json y dentro del json de sample
+    return pd.concat([df, pd.DataFrame(lista)], axis=1)
+
+# fuentes de datos
+
+# consulta online a la API para las visitas, que proporcionan la info de
+# visitas y microbiota
+visitas_datos = [ get_visit_data(visita) for visita in range(1, Visitas_e + 1)]
+print(visitas_data[0].columns
+# la info de glucómetro y comidas es más compleja. por el momento, se estab armando
+# la info offline.
+
+data_o = (
+    pd.read_csv("inventario.csv")
+)
+
+data_o["paciente"] = data_o["paciente"].astype("str") + "_p"
+data_o["Secuenciaciones"] = 0
+
+
 Total_pacientes = len(data_o.index)
 data = data_o.loc[data_o["incluido"]]
 Total_incluidos = len(data)
@@ -372,7 +391,7 @@ def update_charts(etapaSel,min_comidas, min_glucosa, medidaDet, etapaDet, visita
 #        microbiota_data = data.query("MT >= @min_microbiota")
         visitas_data = data.query("Nvisitas >= 4") 
 
-    
+    microbiota_data = visitas_datos[etapaSel-1]["patient_visit_id"].count()
     multi = go.Figure()
 
 
@@ -400,7 +419,7 @@ def update_charts(etapaSel,min_comidas, min_glucosa, medidaDet, etapaDet, visita
     
 
     multi.add_trace(go.Indicator(
-        value = 100 * len(microbiota_data.index) / Total_incluidos,
+        value = 100 * microbiota_data / Total_incluidos,
 #        value = min_microbiota,
         domain = {'x': [0.25, 1], 'y': [0.6, 0.7]},
         title = {'text': "Microbiota"},