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Commit 50597612 by vida092
Options

arbol covariable fuente

parent a8c3f712
Showing with 187 additions and 76 deletions
geoportal_v0.1.html
......@@ -245,7 +245,7 @@
<div class="btn_nav_continer">
<button id="specie_before" class="btn btn-primary glyphicon glyphicon-chevron-up" type="button" ></button>
<button id="specie_before" class="btn btn-primary glyphicon glyphicon-chevron-up" type="button" ></button>
<button id="specie_next" class="btn btn-primary glyphicon glyphicon-chevron-down" type="button" ></button>
......@@ -271,8 +271,11 @@
<!--<div class="col-md-12 col-sm-12 col-xs-12">-->
<label class="text-sm" id="footprint_region" ></label>
<select id="footprint_region_select" class="form-control" >
<option value="México" selected="selected">
México
</option>
</select>
<!--</div>-->
<!--agregar sólo México-->
</div>
<div id="tuto_resolution" class="col-md-6 col-sm-12 col-xs-12">
......@@ -281,17 +284,52 @@
<label class="text-sm" id="lb_mapa_res" for="grid_resolution"></label>
<select class="form-control" id="grid_resolution">
<option value="state">Estados</option>
<option value="mun">Municipios</option>
<option selected="selected" value="mun">Municipios</option>
<option value="ageb">AGEBs</option>
<!-- <option value="8">8 km</option>
<option selected="selected" value="16">16 km</option>
<option value="8">8 km</option>
<option value="16">16 km</option>
<option value="32">32 km</option>
<option value="64">64 km</option> -->
<option value="64">64 km</option>
</select>
</div>
</div>
<div id="tuto_agent" class="col-md-6 col-sm-12 col-xs-12">
<div class="form-group">
<label class = "text-sm" id="agent">Agente:</label>
<select id = "agent_selected" class="form-control">
<option value="model_default" selected disabled>Selecione un agente</option>
<option value="Patogenos">Patógeno</option>
<option value="Hospederos">Hospedero</option>
<option value="Vectores">Vector</option>
</select>
</div>
</div>
<div id="tuto_disease" class="col-md-6 col-sm-12 col-xs-12">
<div class="form-group" >
<label class = "text-sm" id="disease">Enfermedad:</label>
<select id = "disease_selected" class="form-control">
<option value = "dis_default" selected disabled> Seleccione Enfermedad</option>
<option value ="todas">Sin enfermedad</option>
<!--<option value="Enfermedad de Chagas">Enfermedad de Chagas</option>
<option value="Fiebre de Zika"> Fiebre de Zika</option>
<option value="Fiebre de Dengue">Fiebre de Dengue</option>
<option value="Fiebre Chikunguña"> Fiebre Chikinguña</option>
<option value="Hantavirosis"> Hantavirosis</option>
<option value="Fiebre del Nilo"> Fiebre del Nilo</option>
<option value="Enfermedad de Lyme"> Enfermedad de Lyme </option>
<option value="Fiebre del Nilo"> Fiebre del Nilo</option>
<option value="Leptospirosis"> Leptospirosis</option>
<option value="Leishmaniasis"> Leishmaniasis</option>-->
</select>
</div>
</div>
</div>
<!-- container de 40% seteado en componete -->
......@@ -331,12 +369,12 @@
<div class="col-md-6 col-sm-6 col-xs-6">
Inicio:
<input id="date_timepicker_start" type="text" value="" style="width: 100px;">
<input id="yearPicker_start" type="text" value="" style="width: 100px;">
</div>
<div class="col-md-6 col-sm-6 col-xs-6">
Fin:
<input id="date_timepicker_end" type="text" value="" style="width: 100px;">
<input id="yearPicker_end" type="text" value="" style="width: 100px;">
</div>
</div>
......@@ -536,8 +574,8 @@
<div class="col-md-5 margin-top-five pull-left ">
<label class="label_item " id="labelValidationTemp" type="label"></label>
<input id="chkValidationTemp" class="checkbox_item " type="checkbox"/>
</div>
</div>
</div>
<!-- <div class="row"> -->
......@@ -553,11 +591,11 @@
Fin:
<input id="date_timepicker_end_val" type="text" value="" style="width: 100px;" disabled="true">
</div>
</div>
<!-- </div> -->
<!-- </div> -->
</div>
......@@ -582,11 +620,11 @@
<div class="col-md-5 margin-top-five pull-left ">
<label class="label_item " id="labelValidation" type="label"></label>
<input id="chkValidation" class="checkbox_item " type="checkbox"/>
</div>
</div>
</div>
</div>
......@@ -616,9 +654,9 @@
<input id="chkMinOcc" class="checkbox_item pull-left" type="checkbox" checked="true"/>
<input id="occ_number" class="occ_number " type="number" min="1" value="1">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
......@@ -647,13 +685,13 @@
<input id="chkApriori" class="checkbox_item pull-left" type="checkbox" />
</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="tuto_map_prob" class="row container_15p">
......@@ -679,11 +717,11 @@
<label class="label_item pull-left" id="lb_mapa_prob" type="label"></label>
<input id="chkMapaProb" class="checkbox_item pull-left" type="checkbox" />
</div>
</div>
</div>
</div>
<!-- </div> -->
......@@ -740,7 +778,7 @@
<label for="basic-url">Visualización</label>
<div class=" dropdown_group ">
<!-- <div class=" dropdown_group ">
......@@ -759,7 +797,7 @@
</div>
</div>
</div> -->
</div>
......
index.html
......@@ -66,17 +66,17 @@
</header>
<section id="content">
<h2>Bienvenido a EPI-SPECIES<span>Plataforma Universitaria de Eco-epidemiologia Espacial</span></h2>
<p>EPI-SPECIES es una herramienta interactiva para el análisis del nicho epidemiológico de enfermedades infecciosas y la creación de modelos predictivos para analizar su dinámica espacio-temporal en México.</p>
<h2>Bienvenido a EpI-SPECIES<span>Plataforma Universitaria de Eco-epidemiología Espacial</span></h2>
<p>EpI-SPECIES es una herramienta interactiva para el análisis del nicho epidemiológico de enfermedades infecciosas y la creación de modelos predictivos para analizar su dinámica espacio-temporal en México.</p>
<h3>Análisis de nicho epidemiológico</h3>
<p>Si deseas realizar un análisis de nicho epidemiológico basta con seguir los siguientes pasos:</p>
<ul class="steps">
<li>Selecciona la enfermedad objetivo</li>
<li>Escoge tus covariables</li>
<li>Analiza tus resultados</li>
<li><a class="button-1" href="https://epispecies.c3.unam.mx/geoportal_v0.1.html">Ir a Análisis de Nicho</a></li>
<li><a class="button-1" href="geoportal_v0.1.html">Ir a Análisis de Nicho</a></li>
</ul>
<p>Si es la primera vez que utilizas la plataforma, te recomendamos dar clic en el botón de <b>Casos de uso</b> o el botón de <b>Tutorial</b> que te orientara paso a paso como utilizar EPI-SPECIES</p>
<p>Si es la primera vez que utilizas la plataforma, te recomendamos dar clic en el botón de <b>Casos de uso</b> o el botón de <b>Tutorial</b> que te orientara paso a paso como utilizar EpI-SPECIES</p>
</section>
<footer>
<p class="copyright">©Todos los derechos reservados Chilam · C3 · UNAM - 2021.</p>
......
javascripts/config.js
var url_front = "https://epispecies.c3.unam.mx";
var url_front = "/geoportal_v0.1.html";
var url_api = "https://epispecies.c3.unam.mx/api/dev/";
var url_nicho = url_front + "/geoportal_v0.1.html";
......
javascripts/docs/variable_module.js.html
......@@ -28,7 +28,7 @@
<article>
<pre class="prettyprint source linenums"><code>
/**
* Módulo variable, utilizado para crear y gestionar los selectores de grupos de variables en nicho ecológico y comunidad ecológica.
* Módulo variable, utilizado para crear y gos sestionar lelectores de grupos de variables en nicho ecológico y comunidad ecológica.
*
* @namespace variable_module
*/
......
javascripts/pede_nicho.js
......@@ -11,6 +11,10 @@ var module_nicho = (function () {
var _VERBOSE = true;
var _REGION_SELECTED;
var _REGION_TEXT_SELECTED;
var _DISEASE_SELECTED;
var _DISEASE_TEXT_SELECTED;
var _AGENT_SELECTED;
var _AGENT_TEXT_SELECTED;
// actualizar este arreglo si cambian los ids de las secciones
var _SCROLL_SECTIONS = ["section0","section1","map","myScrollableBlockEpsilonDecil","histcontainer_row"];
......@@ -60,7 +64,7 @@ var module_nicho = (function () {
map_taxon.set("especie", "species");
map_taxon.set("species", "species");
var _taxones = [];
var _taxones = [];
......@@ -264,6 +268,32 @@ var module_nicho = (function () {
});
$("#disease_selected").change(function (e) {
console.log("Cambiaste a " + ($("#disease_selected").val()));
_DISEASE_SELECTED = ($("#disease_selected").val());
_DISEASE_TEXT_SELECTED = $("#disease_selected option:selected").text();
//_map_module_nicho.changeRegionView(_DISEASE_SELECTED);
_regenMessage();
});
$("#agent_selected").change(function (e) {
console.log("Cambiando a " + ($("#agent_selected").val()));
_AGENT_SELECTED = ($("#agent_selected").val());
_AGENT_TEXT_SELECTED = $("#agent_selected option:selected").text();
//_map_module_nicho.changeRegionView(_AGENT_SELECTED);
_regenMessage();
});
$("#grid_resolution").change(function (e) {
......@@ -273,6 +303,14 @@ var module_nicho = (function () {
});
$("#disease_selected").change(function (e) {
_VERBOSE ? console.log("Cambia enfermedad") : _VERBOSE;
// No es necesario regenerar resultados
_regenMessage();
});
// checkbox que se activa cuando se desea realizar el proceso de validación. (Proceso de validación todavia no implementado)
$("#chkApriori").click(function (event) {
......@@ -425,8 +463,14 @@ var module_nicho = (function () {
var region = _REGION_SELECTED;
var disease = _DISEASE_SELECTED;
var agent = _AGENT_SELECTED
var groupDatasetTotal = _componente_target.getGroupDatasetTotal()
console.log(groupDatasetTotal)
if(groupDatasetTotal.length == 0){
......@@ -464,13 +508,15 @@ var module_nicho = (function () {
var grid_res = $("#grid_resolution").val();
var footprint_region = parseInt($("#footprint_region_select").val());
var disease = $("#disease_selected").val();
var agent = $("#agent_selected").val();
// _map_module_nicho.loadD3GridMX(val_process, grid_res, footprint_region, _taxones);
_map_module_nicho.busca_especie_grupo(_taxones, footprint_region, val_process, grid_res);
});
_map_module_nicho.busca_especie_grupo(_taxones, 1, val_process, grid_res, "nicho" , disease, agent);
});
$("#show_gen").click(function (e) {
......@@ -518,6 +564,10 @@ var module_nicho = (function () {
// data_link.grid_res = parseInt($("#grid_resolution").val());
data_link.grid_res = $("#grid_resolution").val();
data_link.footprint_region = $("#footprint_region_select").val();
data_link.disease = $("#disease_selected").val();
data_link.grid_agent = $("#agent_selected").val();
data_link.discardedFilterids = _map_module_nicho.get_discardedPoints().values().map(function (value) {
return value.feature.properties.gridid
......@@ -555,10 +605,15 @@ var module_nicho = (function () {
console.log("source")
_REGION_SELECTED = ($("#footprint_region_select").val() !== null && $("#footprint_region_select").val() !== undefined) ? parseInt($("#footprint_region_select").val()) : _REGION_SELECTED;
_DISEASE_SELECTED = ($("#disease_selected").val() !== null && $("#disease_selected").val() !== undefined) ? parseInt($("#disease_selected").val()) : _DISEASE_SELECTED;
_AGENT_SELECTED = ($("#agent_selected").val() !== null && $("#agent_selected").val() !== undefined) ? parseInt($("#agent_selected").val()): _AGENT_SELECTED;
_GRID_RES = $("#grid_resolution").val();
console.log("REGION_SELECTED: " + _REGION_SELECTED);
console.log("_GRID_RES: " + _GRID_RES);
console.log("_DISEASE_SELECTED" + _DISEASE_SELECTED);
console.log("_AGENT_SELECTED" + _AGENT_SELECTED);
console.log("Term: " + request.term);
$.ajax({
......@@ -608,7 +663,7 @@ var module_nicho = (function () {
jQuery(function(){
jQuery('#date_timepicker_start').datetimepicker({
scrollInput : false,
format:'Y-m-d',
format:'Yyyy',
onShow:function( ct ){
this.setOptions({
maxDate:jQuery('#date_timepicker_end').val()?jQuery('#date_timepicker_end').val():false
......@@ -799,6 +854,10 @@ var module_nicho = (function () {
var region = _json_config.region ? parseInt(_json_config.region) : 1;
var disease = _json_config.disease ? parseInt(_json_config.disease) : 1;
var agente = _json_config.agente ? parseInt(_json_config.agent) : 1;
// var rango_fechas = minFec != undefined && maxFec != undefined ? [minFec, maxFec] : undefined;
// recover deleted items
......@@ -826,7 +885,7 @@ var module_nicho = (function () {
}
// _procesaValoresEnlace(sfilters, filters, chkVal, chkPrb, chkApr, chkFec, chkOcc, rango_fechas, chkFosil, gridRes, region, map_dPoints, chkValTemp);
_procesaValoresEnlace(sfilters, filters, chkVal, chkPrb, chkApr, chkFec, chkOcc, minFec, maxFec, minFecVal, maxFecVal, chkFosil, gridRes, region, map_dPoints, chkValTemp);
_procesaValoresEnlace(sfilters, filters, chkVal, chkPrb, chkApr, chkFec, chkOcc, minFec, maxFec, minFecVal, maxFecVal, chkFosil, gridRes, region, disease, agente, map_dPoints, chkValTemp);
$("#show_gen").css('visibility', 'hidden');
......@@ -936,7 +995,7 @@ var module_nicho = (function () {
* @param {integer} gridRes - Resolución de la malla para ser considerado en los cálculos
*/
// function _procesaValoresEnlace(subgroups_target, subgroups, chkVal, chkPrb, chkApr, chkFec, chkOcc, rango_fechas, chkFosil, gridRes, region, map_dPoints, chkValTemp) {
function _procesaValoresEnlace(subgroups_target, subgroups, chkVal, chkPrb, chkApr, chkFec, chkOcc, minFec, maxFec, minFecVal, maxFecVal, chkFosil, gridRes, region, map_dPoints, chkValTemp) {
function _procesaValoresEnlace(subgroups_target, subgroups, chkVal, chkPrb, chkApr, chkFec, chkOcc, minFec, maxFec, minFecVal, maxFecVal, chkFosil, gridRes, region, disease, agente, map_dPoints, chkValTemp) {
_VERBOSE ? console.log("_procesaValoresEnlace") : _VERBOSE;
......@@ -1019,6 +1078,12 @@ var module_nicho = (function () {
$('#footprint_region_select option[value=' + region + ']').attr('selected', 'selected');
$('#disease_selected option[value=' + disease + ']').attr('selected, selected');
$('#agent_selected option[value=' + agente + ']').attr('selected, selected');
console.log(subgroups_target)
console.log(subgroups)
......@@ -1170,9 +1235,14 @@ var module_nicho = (function () {
var mapa_prob = $("#chkMapaProb").is(':checked');
var grid_res = $("#grid_resolution").val();
var footprint_region = parseInt($("#footprint_region_select").val());
var disease = $("#disease_selected").val();
var agent = $("#agent_selected").val();
console.log("grid_res: " + grid_res);
console.log("footprint_region: " + footprint_region);
console.log("disease" + disease);
console.log("agent"+ agent);
var fossil = $("#chkFosil").is(':checked');
......@@ -1206,7 +1276,7 @@ var module_nicho = (function () {
// Falta agregar la condición makesense.
// Cuando se realiza una consulta por region seleccioanda se verica que la especie objetivo se encuentre dentro de esta area
_res_display_module_nicho.refreshData(num_items, val_process, slider_value, min_occ, mapa_prob, rango_fechas, chkFecha, fossil, grid_res, footprint_region, val_process_temp);
_res_display_module_nicho.refreshData(num_items, val_process, slider_value, min_occ, mapa_prob, rango_fechas, chkFecha, fossil, grid_res, footprint_region, disease, agent, val_process_temp);
}
......
javascripts/res_display_module.js
......@@ -2776,9 +2776,13 @@ var res_display_module = (function (verbose, url_zacatuche) {
// console.log(data_body_request)
if(isdeletecell){
//let query = 'query{occurrences_by_taxon_' + nodo + '(query: "nombreenfermedad = \''+ _DISEASE_SELECTED + '\' AND '+ _PARENT_FIELD.toLowerCase() +' = \'' + _LABEL_VALUE +'\' AND longituddecimal ='+ long +' AND latituddecimal = ' + lat + '"){epitetoespecifico reino aniocolecta genero localidad sexo individuosinfectados gridid_'+ _grid_res + '}}'
fetch(_url_zacatuche + "/niche/especie/getIDCellFromCoordinates", {
if(isdeletecell){
fetch(_url_zacatuche + "/niche/especie/getIDCellFromCoordinates", {
method: "POST",
body: JSON.stringify(data_body_request),
headers: {
......@@ -2787,6 +2791,8 @@ var res_display_module = (function (verbose, url_zacatuche) {
})
.then(resp => resp.json())
.then(respuesta => {
console.log(_taxones)
console.log(respuesta.data)
if (respuesta.ok) {
......@@ -2820,42 +2826,31 @@ var res_display_module = (function (verbose, url_zacatuche) {
}
else{
fetch(_url_zacatuche + "/niche/especie/getCellOcurrences", {
method: "POST",
body: JSON.stringify(data_body_request),
headers: {
"Content-Type": "application/json"
}
})
.then(resp => resp.json())
.then(respuesta => {
// if (_AGENT_SELECTED == 'Hospederos')
// var _url = 'http://10.90.0.42:4006/graphql/hospederos/'
// else if (_AGENT_SELECTED == 'Patogenos')
// var _url = "http://10.90.0.42:4007/graphql/patogenos/"
// else
// var _url = "http://10.90.0.42:4008/graphql/vectores/"
var _url = "https://covid19.c3.unam.mx/gateway/api/nodes/"
if (respuesta.ok) {
let nodo = _AGENT_SELECTED.toLowerCase()
var data = respuesta.data;
let query = 'query{occurrences_by_taxon_' + nodo + '(query: "nombreenfermedad = \''+ _DISEASE_SELECTED + '\' AND '+ _PARENT_FIELD.toLowerCase() +' = \'' + _LABEL_VALUE +'\' AND longituddecimal ='+ long +' AND latituddecimal = ' + lat + '"){epitetoespecifico reino aniocolecta genero localidad sexo individuosinfectados gridid_'+ grid_res + '}}'
console.log(query)
_VERBOSE ? console.log(data) : _VERBOSE;
if (data.length > 0) {
var htmltable = _createOccTableFromData(data);
if (htmltable === "")
return;
_map_module_nicho.showPopUp(htmltable, [lat, long], true);
$.ajax({
method: "POST",
url: _url,
contentType: "application/json",
data: JSON.stringify({query: query}),
success: function (resp) {
console.log(resp)
}
}
$('#map2').loading('stop');
})
.catch(err => {
$('#map2').loading('stop');
_VERBOSE ? console.log("error: " + err) : _VERBOSE;
});
})
}
......
plugins/datetimepicker/jquery.datetimepicker.full.js
......@@ -2908,4 +2908,9 @@ var datetimepickerFactory = function ($) {
return special.settings.adjustOldDeltas && orgEvent.type === 'mousewheel' && absDelta % 120 === 0;
}
$('#yearPicker').datetimepicker({
format : "YYYY",
viewMode : "years",
});
}));
plugins/i18n/in/bundle/faltantes.properties
......@@ -6,7 +6,7 @@ lb_occ_min = Min. Celdas con ocurrencia (nj)
lb_apriori = A\u00f1adir a priori
lb_mapprob = Mapa de probabilidad
lb_reg_fecha = Incluir registros sin fecha
lb_range_fecha = Filtrar por fecha
lb_range_fecha = Filtrar por año
btn_regenerar = Regenerar
lb_genera_red = Generar red
lb_info_slider = ATR: Atracci\u00f3n entre nodos
......
plugins/i18n/in/bundle/nicho_es_ES.properties
......@@ -21,6 +21,7 @@ a_taxon = Grupos de interés
a_clima = Climáticas
a_topo = Topográficas
a_raster = Raster
a_socio = Socioeconómicas
lb_occ = Ocurrencias grupo
lb_occ_celda = Área con ocurrencias del grupo (ni)
btn_variable = Escoge Grupo
......@@ -165,7 +166,7 @@ lb_fosil = Fósiles
lb_apriori = Añadir a priori
lb_mapprob = Mapa de probabilidad
lb_reg_fecha = Registros sin fecha
lb_range_fecha = Filtrar por fecha
lb_range_fecha = Filtrar por año
labelFecha = {0} - {1}
reload_map = Filtrar
see_species = Ver Grupo de interés
......
plugins/i18n/in/nicho.properties
......@@ -21,6 +21,7 @@ a_taxon = Taxonomic
a_clima = Climatic
a_topo = Others
a_raster = Raster
a_socio = Socioeconomics
lb_occ = Species occurrences
lb_occ_celda = Cells with species occurrences
btn_variable = Taxon
......
plugins/i18n/in/nicho_es.properties
......@@ -21,6 +21,7 @@ a_taxon = Taxonómicas
a_clima = Climáticas
a_topo = Topográficas
a_raster = Raster
a_socio = Socioeconómicas
lb_occ = Ocurrencias especie
lb_occ_celda = Celdas con ocurrencias de la especie (ni)
btn_variable = Taxon
......@@ -164,7 +165,7 @@ lb_fosil = Fósiles
lb_apriori = Añadir a priori
lb_mapprob = Mapa de probabilidad
lb_reg_fecha = Registros sin fecha
lb_range_fecha = Filtrar por fecha
lb_range_fecha = Filtrar por año
labelFecha = {0} - {1}
reload_map = Filtrar
see_species = Ver especies
......
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